1. Ξεπλύνετε τον μπακαλιάρο καλά σε τρεχούμενο νερό. Γεμίστε ένα μεγάλο μπολ με νερό και βάλτε μέσα τα κομμάτια. Αν δεν κάνει πολλή ζέστη, μπορείτε να  αφήσετε το μπολ στην κουζίνα, αλλιώς βρείτε χώρο στο ψυγείο. Το νερό πρέπει να αλλάζεται 3 - 4 φορές για 24 ώρες. Όταν ο μπακαλιάρος ετοιμαστεί, αφαιρέστε την πέτσα προσεχτικά με ένα μαχαίρι και βάλτε τον στην άκρη.

2. Καθαρίστε το κοκκάρι. Ο πιο εύκολος τρόπος είναι να το ρίξετε σε νερό που βράζει για 1-2΄. Έτσι μαλακώνει το εξωτερικό περίβλημα και καθαρίζεται πιο εύκολα. Αυτό μπορείτε κάλλιστα να το κάνετε μια δυο μέρες πριν και να διατηρήσετε το κοκκάρι στο ψυγείο, σε καλά κλεισμένο δοχείο, γιατί αλλιώς μυρίζει πολύ.

3. Σε μια μεγάλη κατσαρόλα βάλτε 3-4 κουταλιές ελαιόλαδο να κάψει και ρίξτε τα κρεμμύδια. Γυρίστε τα πολλές φορές να πάρουν χρώμα και προσθέστε την ντομάτα και το μπαχάρι. Χαμηλώστε τη φωτιά και αφήστε τη σάλτσα να σιγοβράζει για περίπου 15΄.

4. Στο τέλος ρίξτε τον μπακαλιάρο. Φροντίστε ώστε να σκεπάζεται από τη σάλτσα. Αφήστε τον να βράσει μαζί με τη σάλτσα για περίπου 10΄. Αν η σάλτσα σάς φαίνεται πολύ πηχτή, αραιώστε τη με λίγο νερό, γιατί διαφορετικά θα κολλήσει στον πάτο της κατσαρόλας. Tο κόκκινο πιπέρι, αν χρησιμοποιήσετε, προσθέστε το στο τέλος.

5. Δοκιμάστε το αλάτι και διορθώστε. Για να μη γίνει πολύ αλμυρό το φαγητό, ρίξτε μαζί με τον μπακαλιάρο μια μεγάλη πατάτα κομμένη σε μικρούς κύβους, η οποία θα απορροφήσει το αλάτι.