1. Κόψτε το κρέας σε κύβους μεγέθους περίπου 3 εκατοστών. Βάλτε το σε ένα βαθύ μπολ μαζί με το ψιλοκομμένο κρεμμύδι, 1 κλωνάρι θυμάρι, 1 κλωνάρι ματζουράνα/ρίγανη, τα φύλλα φασκόμηλου και λίγο μαϊντανό. Καλύψτε το με το κρασί και αφήστε το στο ψυγείο να μαριναριστεί για 12-24 ώρες.
2. Αφαιρέστε το κρέας από τη μαρινάδα και στεγνώστε το καλά με χαρτί κουζίνας. Σουρώστε τη μαρινάδα σε ένα χωριστό μπολ και κρατήστε τα κρεμμύδια.
3. Σε μια μεγάλη κατσαρόλα με χοντρό πάτο βάλτε 3 κουταλάκια σούπας ελαιόλαδο να κάψει και σοτάρετε το μπέικον μέχρι να γίνει τραγανό. Βγάλτε το με μια τρυπητή κουτάλα και στο ίδιο λάδι σοτάρετε τα κρεμμύδια με το κοκκάρι μέχρι να χρυσίσουν. Τέλος, σοτάρετε και τα μανιτάρια. Κρατήστε τα λαχανικά αυτά στην άκρη μέχρι να τα χρειαστείτε.
4. Στην ίδια κατσαρόλα ζεστάνετε λίγο ακόμη λάδι, αφού τα λαχανικά θα έχουν απορροφήσει το περισσότερο, και ροδίστε τα κομμάτια κρέατος λίγα λίγα από κάθε πλευρά, πολύ καλά.
5. Ρίξτε μέσα στην κατσαρόλα το αλεύρι και ανακατέψτε ώστε να καλύψει τα κομμάτια και να μην είναι πια άσπρο και σβήστε με τη μαρινάδα. Προσθέστε όσα μυρωδικά δεν χρησιμοποιήσατε στο μαρινάρισμα (τα φρέσκα δεμένα σε ένα ματσάκι με ειδικό μαγειρικό σπάγκο) μαζί με τα καρότα και το σκόρδο και σιγοβράστε με το καπάκι για περίπου 2 ώρες ή μέχρι να μαλακώσει το κρέας.
6. Προς το τέλος του μαγειρέματος ρίξτε μέσα το μπέικον, το κρεμμύδι και τα μανιτάρια και συνεχίστε το βράσιμο για άλλα 20΄. Η σάλτσα θα πρέπει να έχει χυλώσει, αλλά να είναι αρκετή. Δοκιμάστε το αλάτι και συμπληρώστε αν χρειάζεται.
7. Σερβίρετε με πατάτες βραστές ή πουρέ ή και με κάποιο ζυμαρικό της αρεσκείας σας.